Silsilah Sultan Brunei di bawah ini dimulai sejak Kesultanan Brunei mendapat pengaruh agama Islam dari Kesultanan Johor. Indikator pengaruh tersebut yaitu ketika Raja Brunei, Awang Alak Betatar menikah dengan Puteri Johor sekitar tahun 1368 M, sehingga berganti nama menjadi Sultan Muhammad Shah. Silsilah para Sultan Brunei sebagai berikut:
Merupakan Raja pertama Brunei yang memeluk Islam. Sebelum memeluk Islam, Sultan Muhammad Shah bernama Raja Awang Alak Betatar. Beliau naik tahta pada tahun 1362 M menggantikan ayahnya, baginda Sang Aji (Aji Naruwing/Baruning).
Pada tahun 1402 M, Sultan Muhammad Shah mangkat dan digantikan oleh Sultan Abdul Majid Hasan (1402-1408 M). Namun nama Sultan Abdul Majid tidak termasuk ke dalam Salasilah Raja-raja Brunei yang pernah memerintah Kesultanan Brunei.
Periode pemerintahan di Kesultanan Brunei antara tahun 1530-1533 mengalami tiga kali pergantian Sultan. Ketiga Sultan Brunei tersebut berturut-turut adalah Pengiran Muda Besar Ismail, Pengiran Muda Tengah Othman, dan Pengiran Muda Iring Ali Akbar.
Ketika Sultan Saiful Rijal memerintah, Kesultanan Brunei terlibat perang dengan Spanyol yang dikenal sebagai Perang Kastila. Perang selama 72 hari tersebut dimenangkan oleh Kesultanan Brunei. Pemimpin pasukan Brunei dalam Perang Kastila, Pengiran Bendahara Sakam bergelar Raja Bendahara pada tahun 1581 M telah disiapkan sebagai pengganti Sultan Saiful Rijal, namun ternyata mangkat sebelum naik tahta.
Sultan Muhammad Alauddin mangkat pada tahun 1737. Setelah beliau mangkat tidak ada pewaris tahta yang naik menjadi sultan, sehingga Sultan Husain Kamaluddin kembali naik tahta. Pada tahun 1740, Sultan Husain Kamaluddin menyerahkan tahta kepada menantunya, Pengiran Muda Tengah Omar Ali Safiuddin yang kemudian naik tahta bergelar Sultan Omar Ali Safiuddin I.
Beliau naik tahta pada hari Kamis, 15 Muharram 1219 H atau 26 April 1804. Namun, beliau hanya memerintah selama 7 bulan karena mangkat pada hari Sabtu, 6 Sya’ban 1219 H atau 10 November 1804. Tahta Kesultanan Brunei diserahkan kepada putera Sultan Muhammad Jamalul Alam I yang bernama Pengiran Muda Besar Omar Ali Safiuddin II dan bergelar Sultan Omar Ali Safiuddin II. Namun karena Sultan Omar Ali II belum cukup dewasa, maka tahta Kesultanan Brunei diwakilkan kepada Paduka Seri Begawan Sultan Muhammad Tajuddin (Sultan Muhammad Tajuddin).
Paduka Seri Begawan Sultan Muhammad Tajuddin mengampu tahta Kesultanan Brunei hingga tahun 1807. Alasan usia yang sudah terlampau tua menjadikan Paduka Seri Begawan Sultan Muhammad Tajuddin mengamanatkan kepada Pengiran Di-Gadong Ayah Pengiran Muda Tengah Muhammad Kanzul Alam ibnu Sultan Omar Ali Safiuddin I untuk mengampu tahta Kesultanan Brunei dan bergelar Sultan Muhammad Kanzul Alam.
Ketika Sultan Muhammad Kanzul Alam memerintah, pada tahun 1826 secara sepihak beliau mengangkat puteranya menjadi sultan dan bergelar Sultan Muhammad Alam.
Pada tahun 1826, Sultan Muhammad Alam meninggal dan tahta Kesultanan Brunei dikembalikan kepada Sultan Omar Ali Safiuddin II.